Peminjam digalakkan untuk membayar balik pembiayaan tanpa menunggu surat tuntutan bayaran balik daripada PTPTN. Tempoh bayaran balik pembiayaan berdasarkan jumlah pinjaman seperti berikut:
i) RM10,000 dan ke bawah - 60 bulan
ii) RM10,001 hingga RM22,000 - 120 bulan
iii) RM22,001 hingga RM50,000 - 180 bulan
iv) RM50,001 ke atas - 240 bulan
Kos pentadbiran 4% setahun dikenakan bagi tarikh bayaran balik pembiayaan sehingga 31 Disember 2003. Mulai 1 Januari 2004 kos pentadbiran diturunkan kepada 3% setahun atas baki berkurangan.
Kos pentadbiran akan mula dikira selepas 6 bulan tamat pengajian atau tamat pembiayaan sebagaimana dinyatakan dalam perjanjian yang ditandatangani. Tiada pengurangan diberi ke atas kos pentadbiran yang telah dikenakan.
Penangguhan bayaran balik pembiayaan boleh dipertimbangkan bagi peminjam yang masih meneruskan pengajian atau belum bekerja dengan mengemukakan permohonan rasmi ke PTPTN. Walau bagaimanapun kos pentadbiran tetap dikenakan sepanjang tempoh penangguhan.
Penyelesaian penuh pembiayaan dalam tempoh 6 bulan selepas tamat pengajian atau tamat pembiayaan tidak akan dikenakan kos pentadbiran.
Pengecualian daripada membayar balik pembiayaan hanya boleh dipertimbangkan kepada peminjam yang mendapat kelulusan Kelas Pertama Peringkat Ijazah Sarjana Muda bagi kelulusan pinjaman sebelum 1 Julai 2005 SAHAJA dengan mengemukakan permohonan rasmi ke PTPTN.